W zakresie, w jakim towary i usługi są wykorzystywane do wykonywania czynności opodatkowanych, podatnikowi przysługuje, co do zasady, prawo do obniżenia kwoty podatku należnego o kwotę podatku naliczonego (art. 86 ust. 1 ustawy o VAT). Dokumentem, na podstawie którego można zrealizować to prawo, jest zasadniczo faktura. Duplikat faktury jest traktowany na równi z fakturą. Jest to bowiem ponownie wystawiona faktura, zawierająca dane, takie jak faktura pierwotna. W związku z tym również w zakresie prawa do odliczenia duplikat faktury ma moc prawną równą fakturze pierwotnej, stanowiąc na równi z nią podstawę do odliczenia podatku naliczonego.
Aby ustalić, w jakim terminie podatnik ma prawo do odliczenia VAT w związku z otrzymaniem duplikatu, należy przede wszystkim określić moment zaginięcia (zniszczenia) faktury pierwotnej. W sytuacji bowiem, gdy podatnik otrzyma fakturę i na jej podstawie dokona odliczenia VAT, a następnie faktura ta ulegnie zagubieniu lub zniszczeniu, to jej duplikat nie uprawnia do odliczenia VAT, lecz stanowi wyłącznie potwierdzenie uprawnienia, z którego podatnik już skorzystał. W praktyce występuje także taka sytuacja, kiedy podatnik otrzymał fakturę pierwotną, po czym faktura ta zaginęła i nie została zaewidencjonowana w rejestrze zakupu VAT, a w konsekwencji nie odliczono VAT. W związku z otrzymaniem faktury podatnik był uprawniony do odliczenia VAT w rozliczeniu za okres, w którym ją otrzymał lub za jeden z dwóch następnych okresów rozliczeniowych. W związku z tym VAT z duplikatu można odliczyć tylko w terminach, kiedy przysługiwało prawo do odliczenia z faktury pierwotnej.
Jeżeli natomiast faktura pierwotna uległa zagubieniu lub zniszczeniu przed dotarciem jej do podatnika i nie dokonał on odliczenia wykazanego na fakturze podatku, otrzymany duplikat stanowić będzie podstawę do odliczenia VAT, w rozliczeniu za okres, w którym go otrzymano lub za jeden z dwóch następnych okresów rozliczeniowych.
Źródło: Gazeta Podatkowa